4月14日，清华施一公研究组在《自然》发表题为《细菌能量耦合因子转运蛋白结构》研究论文，首次报道了能量耦合因子转运蛋白复合物四聚体的晶体结构，并通过结构信息阐述了该蛋白复合物的工作的分子机制。

清华薛其坤领衔实验攻克量子世界制高点发现量子反常霍尔效应，杨振宁称赞这是诺贝尔奖级论文记者 顾淑霞 刘蔚如 2013年3月18日，在规模宏大的美国物理学会年会上，清华大学薛其坤院士成为焦点人物——很多华人科学家和相熟的外国学者纷纷向他表示祝贺。在此三天前，由薛其坤领衔、清华大学物理系和中科院物理所联合组成的实验团队在《科学》杂志在线发文，首次在实验上发现量子反常霍尔效应，这意味着量子霍尔效应物理.....

4月6日，2013年清华大学自主招生复试在第三教学楼举行，来自全国各地的800多名学子齐聚清华园，参加这场清华特色的自主招生复试。

3月28日，中共中央政治局常委、国务院副总理张高丽来到中关村展示中心考察调研，并观看了由清华与普罗吉生物科技共同组建的抗肿瘤蛋白质药物国家工程实验室的研发展示，听取了实验室主任、清华教授罗永章的汇报。

清华大学物理系的研究人员与合作者在拓扑绝缘体的研究中取得重要进展，发现了磁性掺杂拓扑绝缘体中由能带拓扑量子相变而导致的磁性量子相变，相关成果发表在《科学》杂志上。