土木工程系是清华大学历史最悠久的系科之一。早在1916年，清华学校（清华大学前身）即开始招收土木工程学科的留美专科生。1926年，清华学校成立工程系，含土木、机械、电机三科，由此正式开启了土木工程系的发展历程。1928年，清华学校更名为国立清华大学，设文、理、法三个学院、15个系，土木工程系是其中之一。
此后，清华大学土木工程系历经1937年抗战南迁、1946年北平复校、1952年新中国成立后的院系调整，以及1960年与建筑系合并为土木建筑系等历史时期。改革开放后，土木工程系迎来了快速发展阶段，经过多次院系和专业的拆分与调整，2000年在土木工程系与水利水电工程系的基础上成立了土木水利学院，同时成立建设管理系。
清华大学土木工程系现有教职工71人，其中教师53人，包括中国工程院院士3人、国家级教学名师1人、杰出青年基金获得者3人，还有5位青年教师获得国家自然科学基金委优秀青年基金资助，并有两个共由15位国际知名教授组成的讲席教授组。十几位教师在国内外专业学会、行业协会担任负责人，或在国内外有影响的学术期刊担任主编。
清华大学土木工程系设有7个研究所（教研室）、1个国家工程实验室、1个教育部重点实验室、1个北京市工程技术研究中心，以及若干联合研究中心。教学和科研工作覆盖了土木工程、交通运输工程、测绘科学与技术等相关领域。目前有1个本科专业（土木工程），具有土木工程、交通运输工程、大地测量与测量工程硕士学位授予权，建筑与土木工程领域、交通运输工程领域专业硕士学位授予权，土木工程博士学位授予权，并设有土木工程博士后流动站。
90年来，清华大学土木工程系以培养“高素质、高层次、多样化、创造性”的专业人才为己任，融汇工理，学贯中西，为社会输送了一批又一批的优秀人才。土木工程系的科学研究和人才培养紧密围绕国家重大战略需求，着眼国际学科发展前沿，在土木工程安全与耐久、土木工程防灾减灾、城镇化与基础设施建设、交通工程理论与实践、工程建设信息化等领域形成了特色和优势学科方向，逐步形成了重视基础教育、注重能力培养、适应国家需求、推动学科发展的办学特色和文化底蕴，为国家建设和发展做出了重要贡献。近年获国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科技进步奖10余项，组织和参加编写技术标准规范40多部，研究成果解决了国家重大工程建设和城镇防灾减灾的大量关键技术问题。土木工程系与国际著名大学和学术机构建立了广泛的合作关系，国际影响力不断提升，近两年清华大学土木与结构（Civil & Structural）工程学科在国际QS学科排名中跻身到前8位。
展望未来，清华大学土木工程系将继续以满足国家发展战略需求和争创世界一流学科为目标，以培养具有人文素养、创新能力、国际视野的拔尖创新人才和“技术+管理”型未来行业领导者为己任，在继承优良传统和深化改革创新的基础上，立足于解决土木工程领域的基础性和前沿性课题，解决中国城镇化和基础设施建设中的关键技术问题，为增强我国在国际土木工程领域的整体竞争力、早日实现引领国际土木工程学科发展做出应有贡献。
